Relativement préservé des pollutions chimiques, le bassin versant de l'Arconce reste néenmoins soumis à des altérations physiques qui ont de lourdes conséquences sur l'état écologique de ses cours d'eau:
Sur certains tronçons, les écoulement sont trop homogènes, c'est à dire que l'on trouve trop souvent la même hauteur d'eau, le même substrat et les mêmes vitesses. Cette faible diversité d'écoulement ne favorise pas la biodiversité et est un paramètre déclassant pour la qualité écologique des cours d'eau.
La présence de nombreuses retenues et de de seuils engendrent des vitesses de courant lentes, ce qui favorise le colmatage du substrat du fond du lit. Par ailleurs, le ralentissement des écoulements provoque également une augmentation de la température et une baisse du taux d’oxygène dissous dans l’eau.
Ces conditions écologiques sont particulièrement défavorables à un grand nombre d'espèces de rivières.
La qualité de la ripisylve (arbres et arbustes constituant la végétation des berges) est assez mauvaise en raison d'une trop faible épaisseur voire d'une absence totale.
Cette absence de ripisylve favorise la montée en température de l'eau, l'érosion des berges et l'apport de fines qui colmate le substrat du fond du lit.
Le piétinnement des bovins accentue fortement ces dégradations et empêche une régénération naturelle de cette ripisylve.